東本宮山門と東本宮摂社と拝殿。東本宮社殿と猿の霊石。山王鳥居と日吉茶屋

西本宮山門と西本宮拝殿。拝殿から望む西本宮と大宮橋から走井橋。

全国に約3,800社ある日吉・日枝・山王神社の総本社です。日吉社の東本宮は、本来、牛尾山（八王子山）山頂にある大山咋神が降り立ったという磐座・金大巌（こがねのおおいわ）を挟んだ2社（牛尾神社・三宮神社）のうち、牛尾神社の里宮として、比叡山の地主神である大山咋神を祀るために崇神天皇7年に創祀されたものとも伝えられている。なお、三宮神社に対する里宮は樹下神社である。（東本宮の前の摂社）

西本宮の祭神・大己貴神については、大津京遷都の翌年である天智天皇7年（668年）、大津京鎮護のため大和国大神神社の祭神である大物主神を大己貴神として勧請し、新たに西本宮を建てて祀ったという。これは大己貴神の別名である大国主神の和魂が大物主神であると日本神話に書かれているため、両神が同じ神とみなされたためである。以降、元々の神である東本宮・大山咋神よりも、西本宮・大己貴神の方が上位とみなされるようになり、「大宮」と呼ばれたとのことです。。